در سال 1359 دانشگاه علوم پزشکی تهران به عنوان اولین دانشگاهی که نسبت به تربیت داروساز و ایجاد دانشکده داروسازی اقدام نموده بود ، برآن شد تا جهت کارآموزی عملی و حرفه ای دانشجویان داروسازی ، عرصه های آموزش کاربردی را فراهم نماید . در راستای تحقق این هدف جناب آقای دکتر فرسام که سرپرستی دانشکده داروسازی دانشگاه تهران را در سال های نخست پس از انقلاب به عهده داشتند تلاش و پیگیری های فراوانی نمودند. پس از رایزنی های فراوان در تاریخ چهاردهم خرداد سال 1359 نخستین قرارداد همکاری بین سازمان منطقه ای بهداری تهران و دانشکده داروسازی دانشگاه تهران منعقد شد بر اساس این قرارداد داروخانه آبان در بیست و ششم تیر ماه سال 1359 به دانشکده داروسازی واگذار شد و به نام سیزده آبان تغییر نام یافت. اولین سرپرست داروخانه های دانشکده داروسازی آقای دکتر جاویدان نژاد بودند که پس از ایشان این مسئولیت توسط ریاست دانشکده برعهده آقای دکتر سید حمید خویی قرار گرفت .
در سال 1360 داروخانه های نمونه طالقانی ، بوعلی و شهیدعابدینی به این مجموعه افزوده شدند. در سال 1361 و در زمان سرپرستی اقای دکتر فریدون سیامک نژاد داروخانه ایثار هم به این مجموعه افزوده گردید. در سال 1365 مرحوم آقای دکتر امینی با وقف داروخانه خود به دانشکده داروسازی تعداد داروخانه های مجموعه داروخانه های دانشکده داروسازی را به 6 داروخانه افزایش یافت.
در سال 1374 و در دوران سرپرستی آقای دکتر ناصر نقدی با راه اندازی ساختمان جدید داروخانه فوق تخصصی سیزده آبان جهت ارائه خدمات تخصصی به بیماران خاص راه اندازی گردید. انبار مرکزی داروخانه ها با هدف برنامه ریزی صحیح در توزیع و هچنین انبارش استاندار داروهای مورد نیاز بیماران در سال 1374 در دو طبقه در ساختمان جدید با شرایط کاملا استاندارد تاسیس گردید .
با شروع جنگ تحمیلی ، داروخانه های دانشکده داروسازی به عنوان امین سیستم دارویی کشور نقشی اساسی در توزیع عادلانه دارو به عهده گرفت. کشور در دهه 60 جهت تامین اقلام دارویی با محدودیت جدی روبه رو بود و مشکلاتی به تبع آن دامنگیر عرصه دارو و درمان شد، لذا توان داروخانه های این مجموعه بیش از هرچیز متوجه خدمت رسانی به بیماران و نیازمندان دارویی گردید. در واقع در دوران جنگ تحمیلی مراکز قابل اطمینانی لازم بود تا به توزیع عادلانه دارو در شرایط بحرانی کشور نظارت و اقدام نماید که خواه و ناخواه این مسئولیت به دوش داروخانه های دانشکده داروسازی گذاشته شد . به این دلیل وظیفه آموزش دانشجویان در اولویت دوم قرار گرفت. در روزهای جنگ و با کمبود دارو و شرایط بحرانی موشک باران داروخانه های شبانه روزی لحظه ای تعطیل نبوده و همواره در حال ارائه خدمات دارویی بوده اند. پس از اتمام جنگ تحمیلی و دوره بازسازی کشور ، مجموعه داروخانه های دانشکده داروسازی علاوه بر حفظ وظایف خود بعنوان بازویی قدرتمند در توزیع دارو ، نسبت به افزایش کیفیت و بروز رسانی خدمات خود اقدام نمود ، از جمله این خدمات که در دوره سرپرستی آقای دکتر خیرالله غلامی آغاز گردید میتوان به موارد زیر اشاره نمود:
- تجهیز داروخانه ها به امکانات استاندارد راه اندازی سیستم نرم افزاری جدید با امکانات کامل و مدرن
- راه اندازی واحد آموزش بدو و حین خدمت کارکنان
- را اندازی مرکز اطلاع رسانی داروپزشکی(DPIC)
- راه اندازی مرکز تحقیقات تجویر و مصرف منطقی دارو
- راه اندازی واحد آموزش دانشجویان داروسازی
- مرکز مهارت های داروخانه سرپایی ( SKILL LAB)
پس از تجربه موفق فعالیتهای آموزشی و پژوهشی داروخانههای دانشکده داروسازی(شهری) دانشگاه علوم پزشکی تهران در سال 1385 به دستور ریاست محترم وقت دانشگاه علوم پزشکی تهران(جناب آقای دکتر لاریجانی) مجموعه داروخانههای دانشکده داروسازی تهران، جهت ورود به بیمارستانها و مدیریت دارو و تجهیزات داروخانهایبیمارستانی مأموریت یافت.
بر این اساس هیأت امنا دانشگاه علوم پزشکی تهران طی بیست و دومین جلسه هیأت امنا دانشگاه مورخ 10/02/ 1385 مدیریت داروخانههای بیمارستانی از حالت خودگردان یا برونسپاری بهصورت متمرکز، تحت مدیریت و نظارت مجموعهای به نام «داروخانههای بیمارستانی دانشگاه علوم پزشکی تهران» و به سرپرستی جناب آقای دکتر خیرا... غلامی راهاندازی و افتتاح گردید.
این مجموعه در ابتدا با واگذاری داروخانه بیمارستان تخصصی پوست «رازی» فعالیت خود را آغاز و تاکنون داروخانههای سرپائی، بستری، اتاق عمل، اورژانس در 11 بیمارستان مختلف را تحت پوشش خود قرار داده است. خدمات این مجموعه بر اساس اهداف اصلی این طرح شامل توزیع کلیه اقلام داروئی و تجهیزات پزشکی موردنیاز و درخواست بیمارستان، پیگیری و مانیتورینگ تجویز و مصرف منطقی دارو، آموزش دانشجویان داروسازی و ورود به عرصه داروسازی بیمارستانی، ورود به عرصههای نوین خدماترسانی داروئی شامل ایجاد کلین روم و ساخت فراوردههای TPN، پژوهش و ایجاد بخشهای مراقبتهای داروئی تعریف و فرآیند سازی گردید. یکی از اقدامات انجامشده در این طرح تأسیس انبار مرکزی تأمین دارو و تجهیزات پزشکی با رویکرد خرید، انبارش و توزیع متمرکز دارو و تجهیزات موردنیاز داروخانههای بیمارستانی بر اساس استانداردهای روز بوده است. تشکیل واحد منابع انسانی و توسعه سازمان با نگرش علمی به کارمند یابی، جذب، نگهداشت، توسعه، ارتقاء و انفصال بهصورت متمرکز و همچنین واحد حسابداری و مالی با هدف مدیریت بهینه منابع مالی در واحدهای تحت پوشش نیز از سایر اقدامات انجامشده است. خدمات موردبحث بر اساس آمایش ساختاری موجود در دانشگاه علوم پزشکی تهران؛ در دو بیمارستان تک تخصصی بانوان، دو بیمارستان تک تخصصی کودکان و یک بیمارستان تخصصی پوست و هفت بیمارستان جنرال در حال ارائه است. در این مجموعه به معاونت آموزشی عهدهدار آموزش بدو خدمت و نیز کلیه آموزشهای حین خدمت است که در رستههای شغلی مختلف متناسب با نیازهای مجموعه ارائه میگردد.
در طول مدت الحاق بیمارستانها به این مجموعه، همواره توسعه فیزیکی و کیفی داروخانه مد نظر سرپرستان مجموعه بوده است.به طوریکه از سال 1401 تاکنون علاوه بر اضافه شدن داروخانههای بیمارستانهای مهدی کلینیک و حکیم، عملیات توسعهای در چندین داروخانه صورت گرفته است.